Eudoraの様に、個々のメール毎に内容とサーバーでの状態を把握でき、かつサーバーで削除するかどうかも個々に指定できるメーラーで、Lionでも使えるものはありますでしょうか。ご存じの方がいらっしゃいましたら教えて下さい。

Eudoraは使っていなかったのでよくわかりませんが、ご要望にピッタリのものは無いんじゃないかと思います。
ただし、IMAPを使えば、OS Xのメールでもそれに近い状態になると思います。
お使いのメールアカウントがIMAP非対応の場合でも、それをgmailやiCloudに転送すれば、IMAPの機能を使えます。
POPに対して何かと便利ですので、IMAPへの移行を検討されてはいかがでしょうか。

ありがとうございます。
IMAP4は、ローカルにメッセージを残しつつ、サーバーのメッセージは削ることはできないものと思います。すると、IMAP4ご利用の方は、記録として保存したいメッセージもサーバーに保存されているわけですね。
理解不足の質問でしたら申し訳ありません。もし、そうだとすると、容量不足にならないよう配慮しながら使っていらっしゃるのでしょうか。
IMAP4への移行に先立ち、IMAP4をお使いの方のご経験を知らせてもらえれば嬉しく思います。

IMAPのメールをローカルにダウンロードすることもできます。

http://support.apple.com/kb/HT1063?viewlocale=ja_JP

容量不足になりそうになったら、必要なメールをダウンロードすれば良いと思います。
ローカルフォルダに移動するだけで、サーバーから削除されますので、操作も簡単ですね。
逆に、POPで受信したメールも、IMAP上のフォルダにアップロードできます。